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Au cours des siècles, la forme concrète, selon laquelle l’Église a exercé ce pouvoir reçu du Seigneur, a beaucoup varié. Durant les premiers siècles, la réconciliation des chrétiens qui avaient commis des péchés particulièrement graves après leur Baptême (par exemple l’idolâtrie, l’homicide ou l’adultère), était liée à une discipline très rigoureuse, selon laquelle les pénitents devaient faire pénitence publique pour leurs péchés, souvent durant de longues années, avant de recevoir la réconciliation. À cet « ordre des pénitents » (qui ne concernait que certains péchés graves) on n’était admis que rarement et, dans certaines régions, une seule fois dans sa vie. Pendant le septième siècle, inspirés par la tradition monastique d’Orient, les missionnaires irlandais apportèrent en Europe continentale la pratique « privée » de la pénitence qui n’exige pas la réalisation publique et prolongée d’œuvres de pénitence avant de recevoir la réconciliation avec l’Église. Le sacrement se réalise désormais d’une manière plus secrète entre le pénitent et le prêtre. Cette nouvelle pratique prévoyait la possibilité de la réitération et ouvrait ainsi le chemin à une fréquentation régulière de ce sacrement. Elle permettait d’intégrer dans une seule célébration sacramentelle le pardon des péchés graves et des péchés véniels. C’est, dans les grandes lignes, cette forme de la pénitence que l’Église pratique jusqu’à nos jours.